Эйшишкес впервые упоминается в Кенигсбергском договоре (1384) между великим князем Витовтом и тевтонскими рыцарями. К востоку от города находится замок, построенный в 14-15 веках. Историк Игнас Йонинас утверждал, что Анна, великая княгиня литовская и жена Витовта, была сестрой Судимантаса, дворянина из Эйшишкеса и командующего армией Витовта. Через город проходил важный маршрут, соединявший Вильнюс, Гродно и Варшаву. Защищенный замком и с церковью, построенной Витовтом, город стал одним из важных торговых центров Великого княжества Литовского. У него был двор, и здесь дворяне собрались на сеймик. Дворцы в Киеве, Житомире, Вильне, Ейшишках - это о Горностае герба Гиппоцентавр, в собственность его семьи в 16 веке перешла усадьба в Ейшишках.